kivantium活動日記

プログラムを使っていろいろやります

NWChemをコンパイルして動かす

なにも分からない。

NWChemは計算化学ソフトで、GSoCのOpenChemistryに参加していたので動かしてみたかった。

とりあえず動いた方法

環境はUbuntu 18.04。

ドキュメントのCompiling NWChemにあるNWChem 6.6 on Ubuntu 14.04 (Trusty Tahr)の項目を見ればいいと思っていたが微妙に動かなかった。そもそも現在の最新リリースバージョンは6.8.1なのでドキュメントが更新されてなさそう。以下のように改変したらとりあえず動くようになった。

必要なパッケージのインストール

python-dev gfortran libopenblas-dev libopenmpi-dev openmpi-bin tcsh make 

最新リリースをクローンする

git clone -b hotfix/release-6-8 https://github.com/nwchemgit/nwchem.git nwchem-6.8.1
cd nwchem-6.8.1/src

環境変数の設定

ドキュメントでは

export USE_MPI=y  
export NWCHEM_TARGET=LINUX64  
export USE_PYTHONCONFIG=y  
export PYTHONVERSION=2.7  
export PYTHONHOME=/usr 
export BLASOPT="-lopenblas -lpthread -lrt"  
export BLAS_SIZE=4  
export USE_64TO32=y

とするように指示されているが、BLASOPTを指定するとmake時にLAPACK_LIBを指定しろというエラーが発生する。しかし、その正しい値についてはドキュメントに言及がなく分からなかった。そこで

unset BLASOPT

を実行したところとりあえずエラーが消えたので良しとした。(絶対良くないんだよなぁ)

コンパイル

make nwchem_config NWCHEM_MODULES="all python"
make 64_to_32
make

定石どおり make install しようとしたら動かなかったのでコンパイル後にできたbin/以下をPATHに加えてインストール終了とした。

動作チェック

Getting Started にあるコードが動くことを確認した。(aptでインストールしたバージョンではこれが動かなかったのがそもそもコンパイルしないといけなくなった原因なのでNWChemのメンテナンスが全般的に間に合ってないっぽい)

ついでに閉殻Hartree-Fock法によるHeH+のエネルギー計算 - kivantium活動日記と同じ設定で走らせて結果がどうなるか見てみた。

title "HeH+ STO-3G SCF energy calculation"
charge 1
geometry  
  H 0 0 0
  He 0 0 1.4632
end
basis
  H  library sto-3g
  He library sto-3g
end
task scf energy

結果は

       Final RHF  results 
       ------------------ 

         Total SCF energy =     -2.825194209471
      One-electron energy =     -4.549711559836
      Two-electron energy =      1.001202357200
 Nuclear repulsion energy =      0.723314993165

        Time for solution =      0.0s

となり、前回の結果のTOTAL ENERGY = -2.860662163500と近い値が出ることが確認できた。

特定商取引法に定められた事項は請求により遅滞なく提供する